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酵素可分為單一酵素及複合酵素。
「單一酵素」表示一種物體皆含有一種酵素。如木瓜有木瓜酵素，小麥草有小麥草酵素，但其不能對各種物質發生作用，也就是說一種酵素只對一種物質產生作用。而「複合酵素」則是由多種「單一酵素」集合起來的酵素，其作用當然是多重性的。
在製作過程中又可分為「液體酵素」及「粉體酵素」兩種。
液體酵素是由培養及釀造而成，而粉狀酵素則是由抽取的方式來獲得；兩者都是複合性酵素。粉狀酵素亦可藉由機械方式，加以成型，而成顆粒。然酵素是活菌，所以粉狀或粒狀較難維持其活力，只有原本液態時的1/3效能，是不能不知的常識。粉狀或粒狀，包裝運送方便是其優點，但為了療效，乃以液狀最佳。
在作用上分為「轉移酵素」及「消化酵素」兩大類。轉移酵素在人體內便多達一千多種，專司轉移催化各細胞所需求之各種養份，進而供給細胞之需求及吸收（新陳），而消化酵素則主司消化整腸及消除排泄廢料的作用（代謝）。因此若沒有酵素，不管攝取多麼營養的食物或有多麼特效的藥物亦形同廢物。
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